Sitz des Museums ist das Benediktiner-Frauenkloster von San Salvatore und Santa Giulia, gegründet im Jahre 753 n. Chr. vom lombardischen König Desiderius. Der Komplex befindet sich im Nordosten der antiken Stadt, wo im Laufe der Jahrhunderte bedeutende archäologische und monumentale Testimonianzen gefunden wurden. Symbolträchtig sind die unterhalb der Basilika von San Salvatore (VIII) liegenden archäologischen Strukturen (römische Behausungen, die seit der Mitte der ersten Hälfte des fünften Jahrhunderts genutzt wurden). Das Gebiet des Klosters, zu dem auch die Kirchen von Santa Maria in Solario (XII Jahrhundert), Santa Giulia (XV – XVI Jahrhundert) und drei Klosterhoefe aus der Zeit der Renaissance gehoeren, wurde nach der napoleonischen Unterdrückung von der Stadt Brescia erworben, welche im Jahr 1882 in der Kirche von Santa Giulia das Museum des Christlichen Zeitalters einweihte.